日本海關報關的流程主要包括以下環節：
一、前期準備
在貨物抵達日本前，需要完成基礎準備工作。首先需確認貨物的詳細信息，包括品名、數量、價值、材質、用途等，據此確定對應的 HS 編碼，明確適用的關稅稅率、檢疫要求及禁止或限制規定。同時，準備全套申報文件，通常包括商業發票、裝箱單、原產地證明、提單或運單，特殊貨物還需附加相應文件，如動植物產品的檢疫證明、化學品的安全數據表等。此外，需確定報關責任主體，如果是非日本企業，需提前委托具備資質的代理人協助辦理手續。
二、申報提交
貨物運抵日本港口或機場后（部分情況可提前預審），通過進出口港灣相關信息處理系統提交電子申報，或提交紙質申報文件。申報內容需包含貨物的基本信息、HS 編碼、申報價值、原產地、擬進口口岸等，同時關聯已準備的各類文件。申報需確保數據準確，如果存在錯誤可能導致后續流程延誤。
三、海關審核
海關接收申報后，啟動審核流程。首先進行電子數據校驗，核對申報信息與系統中預存的監管規則是否匹配，包括 HS 編碼是否正確、申報價值是否合理、文件是否齊全等。如果數據無異常，可能直接進入下一步；如果存在疑問，海關會要求補充說明或額外文件，如解釋價格構成、提供進一步的貨物說明等，企業需在規定時間內回應以推進流程。
四、貨物查驗
海關根據風險評估，對部分貨物實施查驗，查驗地點通常為港口、機場的保稅區域或指定貨場。查驗內容包括貨物的實際狀態與申報信息是否一致，如品名、數量、包裝是否與裝箱單相符，是否夾帶違禁品，是否符合特定行業的安全標準等。如果查驗通過，流程繼續；如果發現不符，可能要求重新申報、補繳稅費，或對違規貨物采取扣留、退運等措施。
五、稅費繳納
審核與查驗通過后，海關會出具稅費通知單，明確需繳納的關稅、消費稅及其他相關費用。企業需在規定期限內完成繳納，可通過電子轉賬、在線支付等方式完成，部分經批準的企業可憑擔保先放行后繳稅。稅費繳納完成后，需向海關提供繳費憑證，確認款項到賬。
六、貨物放行
海關確認稅費到賬（或擔保有效）且所有手續合規后，發放放行通知。憑此通知，貨物可從保稅區域提離，進入日本境內流通。對于特殊貨物，如臨時進口的展覽品，需在規定期限內按要求復運出境，并辦理核銷手續，確保符合臨時進口的監管規定。
七、后續手續
貨物放行后，部分情況需完成后續操作。例如，涉及消費稅抵扣的企業，需保留繳稅憑證用于稅務申報；臨時進口貨物復運出境后，需向海關提交出境證明，完成監管核銷；如果申報過程中存在數據修正，需按海關要求補充相關文件，確保整個流程的合規性。
日本海關報關流程以 “前期準備 — 申報提交 — 海關審核 — 查驗（如需）— 稅費繳納 — 放行 — 后續核銷（如需）” 為核心鏈條，各環節緊密銜接，依賴準確的信息申報與完整的文件支持。電子系統的應用提升了流程效率，而海關的審核與查驗則確保貨物合規性與稅收征管。企業需注重前期文件準備的完整性、申報數據的準確性，以及對稅費繳納期限的遵守，以保障流程順暢推進。
